El agua puede contener materia orgánica y microorganismos que la conviertan en causa o vehículo de distintas enfermedades, actuando como un factor que limita el desarrollo económico y social. Se contamina básicamente por los excrementos humanos o de origen animal y por las aguas residuales. Esta contaminación fecal incorpora una variedad de organismos patógenos relacionados con enfermedades que pueden existir en la comunidad en este momento. Otros, de presencia natural en el ambiente pueden producir enfermedades "oportunistas" en personas con los mecanismos de defensa reducidos. Se calcula que anualmente 500 millones de personas sufren enfermedades intestinales causadas por un inadecuado saneamiento de la red de distribución del agua.Los organismos negativos más adaptados son los hongos, protozoos y las algas, que pueden producir sustancias tóxicas, infecciones y disminuir las cualidades del agua. Las bacterias y los virus tienen una capacidad de supervivencia más baja y por lo tanto su transmisión ha de ser más rápida.Aguas negras
El término agua negra, más comúnmente utilizado en plural, aguas negras, define un tipo de agua que está contaminada con sustancias fecales y orina, procedentes de desechos orgánicos humanos o animales. Su importancia es tal que requiere sistemas de canalización, tratamiento y desalojo. Su tratamiento nulo o indebido genera graves problemas de contaminación. Una de las razones más importantes para tratar las aguas negras o servidas es la eliminación de todos los agentes patógenos de origen humano presentes en las excretas con el propósito de cortar el ciclo epidemiológico de transmisión. Estos son, entre otros: Coliformes totales, coliformes fecales, salmonellas, virus
Desde el punto de vista de la salud pública se encuentra aceptable un agua residual que contiene menos de 1.000 coliformes totales por 100 ml y con una DBO inferior a 50 mg/L
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